El anime está basado en el manga homónimo de Naoki Urasawa, que adapta una historia de Astroboy (manga de Osamu Tezuka) llamada "El robot más fuerte del mundo":
Pluto narra la historia de Gesicht (en alemán, cara), un robot detective que trabaja para la Europol, cuando investiga un caso que gira en torno a los asesinatos de robots y humanos que están teniendo lugar. El caso se complica cuando las pruebas empiezan a sugerir que quién está detrás de todo es un robot.
La acción se sitúa en un futuro donde los robots han ganado derechos similares a los que tienen los humanos, y en el que tuvo lugar una guerra que asoló el Imperio Persa, situado en el Medio Oriente, la cual marcó el pasado de muchos de sus personajes.
Pluto está editado íntegramente (8 tomos) en España a manos de Planeta: